3日上午发生震源位于台湾东部近海的地震后，日本气象厅当天上午9点01分向冲绳县的冲绳本岛、宫古岛与八重山各地发出了海啸警报。在与那国岛和宫古岛观测到最大30厘米的海啸，在石垣岛观测到20厘米的海啸。县内有2名老年人在疏散时摔倒并受轻伤。飞机航班也受到较大影响。

鉴于发布了警报，首相官邸在危机管理中心设置了官邸联络室，负责收集信息。

冲绳县在县政府大楼内召开灾害对策总部会议，知事玉城丹尼强调：“请大家疏散到安全场所等，保持最高级别的警惕，最优先采取守护生命的行动。”

那霸机场一度暂停了所有民航飞机起降，合计超过90个航班取消。接连有飞机返回出发机场，或者改变目的地。新石垣机场与宫古机场也有部分航班取消。

在与那国町，观测到了最大震度4（日本标准）。

海啸警报发出约1个半小时后，降级为提醒信息，3日中午12点被解除。