3日上午8点58分左右，冲绳县与那国岛观测到震度4（日本标准）的地震，地震规模推测为里氏7.7级。日本气象厅当天9点01分向冲绳本岛地区、宫古岛八重山地区发出了海啸警报。当天9点18分，与那国岛观测到最大30厘米的海啸。石垣岛和宫古岛也观测到海啸。

气象厅称，震源位于石垣岛西南偏西250公里的台湾附近，震源深度23公里。台湾的气象部门称，东部花莲观测到震度6强。台湾媒体称，花莲市内有建筑物倒塌。

据冲绳县警方称，截至9点半尚未发现地震摇晃和海啸造成的损失。在30厘米海啸到达的与那国町，当地居民被疏散至初中，截至上午10点未发现遭受损失。

在震度4的地震后，与那国岛还出现了震度1以上的有感地震。接到海啸警报后，冲绳县3日上午成立了灾害对策总部。